学校现有喜马拉雅山地国家研究中心、中亚-土库曼斯坦研究中心、国家民委民族问题研究青海基地、国家民委中华民族共同体研究基地等5个国家级科研机构；青海省铸牢中华民族共同体意识研究基地、民族研究所、青海省法学研究所、青海省旅游文化研究所、青海省青藏高原生态环境研究所、青海省语言与民俗研究所、青海省非物质文化遗产研究所、藏学研究中心、青海省应用数学研究所等9个省级科研机构；在对口支援高校支持下将部分校级科研机构归并整合成立“青海省人民政府-天津大学 双碳研究院”、“青海民族大学-中国人民大学 铸牢中华民族共同体意识研究院”、“青海民族大学-天津大学 中华民族艺术研究院”、“青海民族大学-厦门大学 青海高质量发展研究院”、“区域国别研究院”、宗喀巴研究院、青藏高原蕨麻产业研究院（筹）等7个研究院。